仁一郎、知子、それぞれの使命と過去…「俺達はただ、生き残って、大きな声で言いたいんだ。俺達は死ななかったし、死ぬ必要なんか無かったんだと」未知の生命体・亞害体を率いる凶敵・シャムシール。討伐に向けて、人類連合は仁一郎が属す第31小隊を敵の餌として使おうとする。その情報を得た仁一郎たちは、組織が描いた絵図をぶち壊し自分たちの戦闘をしようと…！！！？