氷川ケミストリィで人体実験された姉・はづみの容態もひとまず落ち着き、つとむは夏休みの課題に追われていた。だが一方では、徹底した捜査にも関わらず、依然として氷川は行方不明。氷川ケミストリィに強制捜査が入り屋敷ごと焼却されるも、当の本人は、人目に付かない地下室で不適な笑みを浮かべていた…