Ｄｒ．ドゥームの過去を目撃せよ！！　ウルトラマンの世界に、強敵ドクター・ドゥームと共に紛れ込んでしまったスパイダーマン。彼を待っていたのは偉大なるヒーロー、ウルトラマンとドゥームと手を組んだメフィラス星人！しかも、ウルトラマンの力に目を付けたこのヴィランたちにその力を奪われてしまう。そして、己の野望を隠さないドゥームがメフィラス星人にも牙をむく。アントラー、レッドキング、ゴモラの3大怪獣とのバトルから始まる第3巻ではDr.ドゥームの過去と野望がついに明るみに！