『時間の波』の再来により、戦国時代へ来てしまったスーたちは、攻撃してきた武田軍をなんとか撃退。武田は部下の真田軍のみを残して撤退した。戦場から戦国の少年をマンションに引き取り、世話をするマンションの住人たち。その一方で孫兵衛は、自分が時間を旅するきっかけになった村へと一人出ていってしまった。スーたちは孫兵衛を救うべく探しに出るが、また真田の攻撃を受けてしまう。さらに、背後には、あの『時間の水』が…！？危機的状況の中、彼らはサバイブすることができるのか！？そして、マンションに引き取った「戦国の少年」が持つ、意外な秘密とは！？