巨大昆虫が闊歩する日本。あふれかえる被災者たち。他県からの流入を阻止するため障壁が巡らされた東京。巨大昆虫の暴走＝スタンピードにより利権をむさぼる者が日本を手中に。阻止すべく立ち上がる伊吹亜蘭、そして友里まひろは人々のために…昆虫巨大化と組織のすべての謎を解明する『原種』をめぐる戦いに今、終止符が打たれる！