“目標、依然トシテ動キナシ…”第2小隊の必死の攻撃をかわし、東京港内の海底に身を潜めた怪生物“13号”。長すぎるにらみ合い、疲労を深める第2小隊。その静寂を破り、今度は黒い影・グリフォンが動き出した！！